结构化阅读的方法首先不同于自然阅读法。所谓自然阅读法，是指通过认识单词，尤其是生词以及专业名词，来理解短语和句子，进而理解段落和整篇文章。这种方法的一个必然推理是，阅读之所以不好，是因为单词量不够。支持这个观察的事实是：总是在学术文章中遇到不认识的单词，所以阅读当然就不好。但是，GMAT阅读常考的逻辑关系，重心不在生词上。
自然阅读的另外一个推论是，单词即使足够，句子不理解也不行，因此需要恶补英文语法以及长难句。长难句分析当然是重要的，它的主要作用在于克服长句阅读的心理恐惧。但人们常常把长难句分析变成语法分析，结果长句的语法是清楚了，该句的核心意思却还不清楚。诚然，由while, whereas, although等词所引导的句子，句子本身的核心就在其对比中，但对于其他的长句，它们的核心意思却不是孤立表达于该句本身；事实上，并不存在一个惟一判断标准，来确定到底什么语法成分决定了句子最重要的信息。相反，长句的核心是在一个语境中也就是在上下句的相互联系中存在，因此是在写作者的意图中，而不是在句子的语法中存在。
自然阅读法的第三个说法是，多读就足以练好阅读。多读的说法听起来当然不错；问题在于效率。考生需要在很短的时间之内训练出解题能力，为此需要训练对解题常考逻辑关系的理解。除了时间的限制，多读作为一种解决方案的缺陷还在于，也许多读是从来解决不了核心问题的。这个结论令人震惊，但却是事实。考虑两种情况：1. 读了50篇GMAT文章，答案都记住了，文章的翻译也看了，背景知识也查了，花了很多心思去记忆；2. 读了20篇GMAT文章，文章的句子之间的逻辑关系都分析清楚了，甚至可以跟考友讲明白。哪种情况下，考生更容易在GMAT考试中取得好成绩？答案不会令掌握学术英文思维的人惊讶：第二种。为什么呢？GMAT阅读是以英文为基础的学术逻辑考试，不是以专业背景为噱头的歧视非此专业考生的考试。背景知识与文章翻译，统统是不必要的，虽然翻译若干篇可以让译者本人确定自己的确是明白了一些。主张多读的朋友要仔细了：多读永远正确，但我们需要知道自己读的时候以什么为重心。学术文章阅读的重点是体现于上下句和上下段的逻辑推理，而不是每个孤立的句子内部的孤立的生词或专业名词。在错误的道路上奔跑，勤奋得令人崩溃。
自然阅读法的第四个常见说法是多记，记住的文章信息越多，做题就做得越好。这也是一个符合直觉的错误策略：一篇文章所有单词的总和也不等于是文章的核心信息；事实上，多记是记不住所有单词的，能够在2-3分钟阅读一篇文章以后记住的只能是认知上敏感的生词，比如生词，或者最后几个词。自然阅读法的第五个也是最后一个误区是读懂。有时读者恰好熟悉所读篇目的基本背景，结果就会带着自己的知识去对应和理解、有时甚至不惜以自己掌握的既有知识来扭曲文章中的逻辑链条。阅读考查的是作者写了一些什么和怎么写的；而不是考读者认为某个问题是怎么样的。因此，读者在阅读学术文章时，不能先行带入自己的知识。读得越懂，在做题时还可能越不仔细，放弃回原文定位，错题反而比那些没有读懂的文章的错题更多，这也就并不奇怪了。
将以上自然阅读法的五个问题一一取非，就是结构化阅读法的基本立场：认识单词不等于理解文章；读懂长句不等于把握逻辑结构；多读不足以把握文章逻辑，把握文章甚至不必以篇数取胜；阅读文章记忆的标靶要集中于少数目标；“读懂”往往带来理解偏差。虽然由于自然阅读法是人类认知配置的基本阅读“方法”，因此很难消除，也由于中国的学术传统中缺乏处理科学推理的思维方式，再加上以往的中文阅读的纠缠于字词本身的传统，更增加了改变视角的难度，但是，掌握了结构逻辑分析的方法，好处是巨大的，受益是终生的，值得所有优秀的青年学子尝试。
